Daerah endemis filariasis di Indonesia sebanyak 241 kabupaten/kota. Berdasarkan Program Penanggulangan Filariasis di Indonesia maka daerah tersebut diharuskan untuk melaksanakan Pemberian Obat Pencegahan Massal (POPM) Filariasis. Berikut nama kabupaten/kota endemis filariasis.